Como já mencionado anteriormente, o problema está na comunicação com o provedor da prefeitura. Ele está bastante instável, com tempo de resposta muito demorado. Dessa forma, a nossa conexão é interrompida por timeout.
Para mitigar essa instabilidade da prefeitura, fizemos hoje às 12h17 uma alteração em nossos servidores, aumentando o tempo que a Nuvem Fiscal aguarda pela resposta.
Caso tenha esse retorno novamente, favor nos avisar.