Bom dia, @brunobric1.
Essa mensagem retornada pelo suporte da Giss não parece ter relação alguma com o arquivo XML enviado, pois o mesmo contém as duas assinaturas (RPS e lote) com seus devidos id’s de referência.
Enviei para você agora (via mensagem privada) o XML do elemento EnviarLoteRpsEnvio que foi enviado dentro do envelope SOAP. A existência e validade das duas assinaturas pode ser verificada através do Validador da Receita Federal.
Favor questionar novamente o suporte da prefeitura.