Estou utilizando laravel, e ao fazer testes fora dele, funcionava normal. Aí fui comparar os códigos e achei diferença, vou publicar aqui, caso ajude alguém que esteja com o mesmo problema.
Código anterior:
$nfseXml = $apiInstance->baixarXmlNfse($id);
$saved = Storage::put($nfsePathWithFileName, $nfseXml);
Código corrigido:
$nfseXml = $apiInstance->baixarXmlNfse($id);
$saved = Storage::put($nfsePathWithFileName, file_get_contents($nfseXml->getPathname()));
Nesta alteração primeiro eu busco o conteúdo do arquivo, para depois salvar.
Pode ser que com a RPS funcionava porque talvez o texto retornado estava somente em uma linha.